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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化遮盖是种重要性的译成后遮盖,SUMO分子结构根据在E1碱化酶、E2整合酶和E3联接酶的组织下共价整合才是物血清质赖氨酸残基上,在设定藤本草木繁殖、膳食纤维数据进行和胁迫反映中起突出要性功效。SUMO化血清质和SUMO遮盖历程中涉及到的酶的受损也会引发藤本草木繁殖异常情况甚至于消失,这证实SUMO化遮盖在调高藤本草木繁殖发育成熟历程中起着内在功效。随着近年在藤本草木中被技术判定出的SUMO化血清质规模较少,故而SUMO 化在藤本草木中的丰度较低且动态的性较高,故而技术判定SUMO化血清质和 SUMO化位点是三十分有竞技性性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教受(拜谱微生物合作的科学实验家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以加入一种二步赖氨酸欠缺SUMO含有策略,在校园营销推广活动的环节之中所构建了新一代的草本植物SUMO化蛋白酶质组动态sql语句,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语大题目:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

汉语提题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

撤稿期刊论文:Nature Plants

直接影响细胞:15.8

设计工作思路

图1设计工作思路图

的研究结杲

01、拟南芥K0-SUMO1蛋白质含量质类物质析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,著者进两步来完成经由改进的两步来完成亲和丰度方式方法实现质谱分析一下,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化修饰语蛋白质含量质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化遮盖球蛋白和位点的认可

考虑到安全验证潜在性的的SUMO1核蛋白,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并完成了身体实验英文。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以手机验证SUMO化修饰语位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化淀粉酶和位点的身体外手机验证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热释放胆固醇质组的定量分析相当

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT蛋清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 体系结构TMT的酶联免疫法蛋清质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱个人总结

本研究从蛋白酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以构建这种精确度度高的SUMO化蛋白酶纯化和质谱监测的方式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热解锁淀粉酶降钙素原检测相对较表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化体现语血清质组为承堂一大特色体现语商品,分为效率高的含有技巧、尖端科学的Astral机器设备可推动SUMO化血清和位点的高重量量排除。此外,王鹏程传授作拜谱专家组团成员国,在服务研发部门工作中为贵公司展示 专注最好和专业指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

规范专著:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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