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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出广泛性的生物工程特异性，涵盖抗肿癌和身体毒使用。大部分，三萜是可以通过甲羟戊酸路径制成的，并从具有草木和念珠菌中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表论文提纲了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查论文提纲。该调查出现三萜类氧化物野生灵芝粉酸（GA）是用液态体致力于的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物制品和转化了引发的。利用转录组和球核苷酸组学技术性设备进步探求无柄虫草菌丝体中DHT引发两个虫草酸（GA）的逻辑，并选择多个学技术性设备的检测到的对比分析什么是基因和对比分析球蛋白酶，预测DHT 动物制品组成 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和系统几大类

可以通过对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体实现转录组测序共能够 67230个转录本和1429八个单遗传遗传表观遗传。在这样的单遗传遗传表观遗传中，492被司法鉴定为不同表明遗传遗传表观遗传（DEGs），当中213个表明调整，279个表明降低（图1A）。GO丰度研究后，DEGs可分成生物工程具体步骤（BP）、細胞营养成分（CC）和原子能力（MF）3类。在BP行业类型中，造成了前几个子行业类型：四环素化解消化吸收具体步骤，乙酸盐消化吸收具体步骤和甲酸盐消化吸收具体步骤;而在CC行业类型中，細胞外区、突触包覆体、突触设备构造是前几个亚类。在MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活力、空气氧化抹除酶活力和酸氨（或酰胺）拼接酶活力是前几个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG4g信号环路研究中，前30条丰度度至高的4g信号环路中含27条专属于消化吸收，当中二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收4g信号4g信号环路相关性丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和的功能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄虫草细菌菌丝体进行球蛋清组学定性讲解，共设设定了16,457种有趣肽、2606种球蛋清和2588种参考值球蛋清。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求条件下，徘徊2606种球蛋清中，94种被签别为相互影响表现球蛋清（DEPs），这当中52种调整，42种下降（图2A），图2C显现了相互影响表现球蛋清的聚类算法定性讲解热图。从GO定性讲解来瞧，BP类显现，太多半DEPs参入乙酸盐产生率率环节、消炎药分离产生率率环节和口服药分离产生率率环节。CC类DEPs在癌細胞系外区、过阳极防氧化物质酶体和微体中总额最低，阳极防氧化恢复酶渗透性和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性在MF类中DEPs的基数最低（图2B）。与转录组结杲相类似，KEGG通道定性讲解显现，非常多DEPs在产生率率中聚集，这当中3条最聚集的经过是光合菌物学中的碳调整、碳产生率率和MAPK讯号通道（图2D）。还有，利用定性讲解GO数据表格库的CC对DEPs进行亚癌細胞系导航定位定性讲解和注音（图2E），DEPs其具体布局在癌細胞系质（40.66%）、癌細胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），本体论上是GAs菌物学组成的其具体位置上。

图2|核营养素组的参考值浅析和功能键印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物生成和差表组侯选DEGs和DEPs定制了维恩图，有20个相互影响体现什么是染色体组（图3A）。对转录组和高淀粉酶质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs实行聚类算法分折，看到mRNA和高淀粉酶质当中有19个上涨什么是染色体组和9个下降什么是染色体组，DEGs和她的翻泽的DEPs体现横向呈正有关，体系结构Pearson的有关弹性系数分折，在转录组和高淀粉酶质组当中检侧到比较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）监测报告单界面显示，E组和C组19个DEGs的理解出来情况地域差异显著性，在这当中9个为调整DEGs，6个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的理解出来市场需求与转录成分析报告单不对。

图3|蛋清质组的降钙素原检测深入分析和特点查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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